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组培室的设计应该考虑想要生产的品种，这点大家往往并不是很重视。很多人以为建设一个组培室，将来是可以生产很多甚至是所有的任何植物品种。这是常见的误区。其实不同植物的品种其组培特性也是不同的，培养周期是不同的，培养条件也是不同的。不根据品种特性而盲目的设计会对将来的空间利用、生产效率、环境控制以及生产成本等造成难以估量的影响。其次还要考虑生产的目的，是快速扩繁?还是种苗脱毒?是销售瓶苗、半成苗还是销售成苗?这些都需要在设计阶段充分考虑，不同的目的对于组培工厂的布局设计也是不同的。再者就是产能，结合品种、市场、自身条件设定目标产能，根据产能终确定组培工厂的规模。
在药品的质量上，用于组织培养研究的化学药品除非特殊指明外都应该是分析纯或更好的，不能用化学纯的。用于植物大规模工厂化繁殖的药品，为了节约经费，降低成本，在经过认真的预备实验之后可选用部分低价的化学纯试剂或市售药品。药品生产的厂家与药品的质量有直接关系，为了实验的准确性、可重复性和可延续性，最好固定购买某些厂家的某些药品，一般来说进口药品的质量好于国产的药品，虽然价格高些，但从节约时间和减少重复以及提高实验的准确性等方面综合考虑，总体算起来未必不划算。
实验室布局应该科学合理，能够满足实验室的功能需求和工作流程。一般来说，实验室应该包含以下区域：
洁净区：用于材料的消毒和无菌操作。通常需要配备超净工作台、高压蒸汽灭菌器等设备。
准备区：用于制备培养基和试剂等材料。通常需要配备称量仪、pH计、离心机等设备。
培养区：用于培养植物组织。通常需要配备培养箱、光照器等设备。
分析区：用于分析实验结果。通常需要配备显微镜、PCR仪等设备。
合理空间布局，提高工作效率。一个好的空间布局至少应该满足以下几个基本的条件：一是有完备的功能间，可以进行流水化作业;二是能够区分人流及物流通道，避免交叉。三是有洁净控制区与非控制区之分，区域之间有相应的过渡措施。
根据规模，合理选材，降低建设成本。净化材料、铝合金+玻璃、环氧地坪、PVC地板、洁净灯具用于组培工厂的装修材料有很多。我们应该根据组培工厂面积、资金预算、预设产能等综合考虑选择何种材料进行主体的装修。找到组合，实现的投入产出比。
